Rumah Qur’an BSI Magetan diresmikan pada 12 Maret 2021, terletak di Dusun Bulukerto, Mangkujayan, Magetan, Jawa Timur. Memiliki kapasitas 12 orang santri. Rumah Qur’an BSI Magetan merupakan satu-satunya Rumah Qur’an khusus untuk santri Perempuan. Memiliki tiga fokus utama pendidikan yaitu:

1. Pendidikan Al Qur’an
2. Pendidikan non-formal dan
3. Pendidikan kewirausahaan.

Beberapa kegiatan di Rumah Qur’an BSI Magetan yaitu:

1. Tahsin dan tahfiz,
2. Pembelajaran paket C,
3. Pelatihan peningkatan soft skill dan,
4. Storytelling,

Selain itu Rumah Qur’an BSI Magetan memiliki ekstrakurikuler menjahit yang sudah dapat membuat pakaian Muslimah yang dapat digunakan oleh para santri dan pembina.